3 avril 2002. José Bové mets les pieds dans le plat. De retour de Palestine, le leader de la Confédération paysanne donne une conférence de presse. Alors que quelques jours avant, des incendies de sont déclarés dans des synagogues, José Bové brise un tabou :
« Il faut se demander à qui profite le crime. Je dénonce tous les actes visant des lieux de culte. Mais je crois que le gouvernement israélien et ses services secrets ont intérêt à créer une certaine psychose, à faire croire qu’un climat antisémite s’est installé en France pour mieux détourner les regards. »
Lors de cette conférence de presse, il accuse également Israël de « purification ethnique ». Le lendemain de cette sortie, le B’nai B’rith « condamne avec la plus grande fermeté les propos de José Bové qui insinuent que la campagne menée par les Israéliens contre le terrorisme, certes brutale, s’apparente aux actes commis par les nazis. Ce qui revient ni plus ni moins à nier la Shoah. C’est une faute historique, une faute morale monstrueuse, que l’ensemble de la classe politique devrait condamner. »
Dans son communiqué, le B’naï B’rith « demande immédiatement » à José Bové de « s’excuser publiquement de la tenue de pareils propos ». Le 2 mai 2002 sur France Info, Alain Juppé l’accuse d’être « un des grands complices de M. Le Pen depuis des années ». Acculé, José Bové va s’excuser, d’abord dans Marianne, puis devant la France entière, sur France 2, le 14 septembre 2002 :
C’est à cette époque que José Bové, comme une dizaine d’autres militants antisionistes, pro-palestiniens ou modérément pro-israéliens (le militant écologiste Alain Lipietz, l’avocate et épouse de Carlos, Isabelle Coutant-Peyre, le cinéaste israélien Eyal Sivan ou le secrétaire général des Amitiés franco-irakiennes, Gilles Munier, etc.) reçoit une lettre jointe d’une balle de calibre 22 LR, accompagnée de la mention suivante : « La prochaine n’arrivera pas par la poste. »
Des plaintes sont déposées et la police ouvre une enquête, qui va déboucher sur l’arrestation d’un certain Raphaël Schoemann, un retraité de 65 ans, marié et père de deux enfants, au casier judiciaire vierge, qui voulait s’en prendre à des personnes qu’il estimait « antisémites ». Raphaël Schoemann signait ses courriers « Nadine Mouk », une formule qui signifie en arabe dialectal : « Maudite soit la religion de ta mère. » Lors de la perquisition de son domicile, les enquêteurs trouvent un véritable arsenal de guerre : un fusil à répétition SIG, un revolver Smith & Wesson, deux armes interdites à la vente en France et acquises illégalement en Suisse quelques mois après l’envoi des courriers, un fusil à pompe calibre 12, un revolver 22 LR, un fusil Winchester, une visée laser et des munitions. L’homme était inscrit à la Fédération française de tir et s’entraînait régulièrement. Lors de sa garde à vue, il assure évidemment :
« Je n’avais aucune intention de passer aux voies de fait, surtout avec des armes. »Pour sa défense, il assure avoir été fortement marqué par l’expérience de ses parents, internés à l’arrivée des nazis en Allemagne. Pour le psychiatre, l’homme est lucide, il a l’entière responsabilité de sa conduite. S’il s’était agi d’un militant nationaliste ou d’un musulman, nul doute qu’au vu de l’arsenal et des menaces de morts proférées, menace terroriste oblige, l’affaire aurait été portée au sommet de l’État. Mais Raphaël Schoemann ne sera condamné en première instance par le Tribunal correctionnel de Paris qu’à 1 euro de dommage et intérêt à verser à chacune de ses victimes et 10 mois de prison avec sursis.
De son côté, bien qu’ayant fait Techouvah, José Bové va perdre le soutien que lui apportaient les médias. Devenu une « idole en fin de cycle » (L’Express, 1er mars 2004), il renonce à son mandat de porte-parole de la Confédération paysanne en août 2003. Après avoir fait 1,32 % lors de l’élection présidentielle de 2007, on le retrouvera en 2009 au côté de Daniel Cohn-Bendit comme député Europe Écologie les Verts de la région Sud-Ouest aux européennes.